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WordPressには子テーマというものがあります。
子テーマとは、親となるテーマに上書きするためのファイルです。
これを使えば、元となる親テーマを直接編集せずともカスタマイズすることが可能となります。
既存のテーマをカスタマイズするときには子テーマを使いましょう。

以下、子テーマの具体的な作り方です。

1. 子テーマを入れるフォルダをつくる
themesディレクトリ内に、普通のテーマと同じようにフォルダを作ります。フォルダ名は、「親テーマ名-child」とするのが一般的だそうですが、別に何でもいいです。
2. 最低限のファイルを用意する
子テーマを使用するにあたって、style.cssとfunctions.phpの二つのファイルが最低限必要とされます。style.cssとfunctions.phpを子テーマフォルダ内に設置して、中身を以下のように記述してください。
style.css
/*
Theme Name: テーマ名(親テーマ名-childとか)
Template: 親テーマ名
*/
@import url('../親テーマ名/style.css');
functions.php
<?php
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'theme_enqueue_styles' );
function theme_enqueue_styles() {
wp_enqueue_style( 'parent-style', get_template_directory_uri() . '/style.css' );
} ?>
3. 子テーマをWordPressに適用させる
以上の作業で作ったファイルをFTPとかでアップロードすると、テーマ一覧に子テーマが表示されています。これを有効化します。これで子テーマが適用されました。
4. カスタマイズする
子テーマ内のstyle.cssにCSSを書き込んだり、header.phpとかcontent.phpとかを子テーマフォルダに設置したりすることで、親テーマを直接書き換えること無くカスタマイズが行えます。
また注意点が一つあり、子テーマ内でget_template_directory_uriを指定しても親テーマのディレクトリを参照してしまいます。子テーマディレクトリを参照する際には、get_stylesheet_directory_uriを使用しなければなりません。
<?php echo esc_url( get_template_directory_uri() ); //親テーマディレクトリ参照 ?>
<?php echo esc_url( get_stylesheet_directory_uri() ); //子テーマディレクトリ参照 ?>

以上です。簡単ですね。